Μετά από σχεδόν έξι μήνες από την έναρξη της δικαστικής έρευνας για τις καταγγελίες που έγιναν, ασκήθηκε ποινική δίωξη για σοβαρά αδικήματα κατά του ιδρυτή και εργαζομένων στην Κιβωτό του Κόσμου. Ο πατέρας Αντώνιος αντιμετωπίζει κατηγορίες για σεξουαλικά αδικήματα σε βάρος δύο ανηλίκων που φιλοξενήθηκαν στην Κιβωτό του Κόσμου και για αδικήματα πλημμεληματικού βαθμού. Επιπλέον, επτά υπάλληλοι της δομής κατηγορούνται για αδικήματα σε βαθμό πλημμελήματος.
Η δίωξη εναντίον του πατέρα Αντώνιου αφορά στην κατάχρηση ανηλίκων σε σεξουαλική βία, που διαπράχθηκε επανειλημμένα από τον Σεπτέμβριο του 2020 έως τον Ιανουάριο του 2022. Ο ιερέας αντιμετωπίζει σοβαρές κατηγορίες για σεξουαλική κακοποίηση δύο ανηλίκων φιλοξενούμενων στην Κιβωτό του Κόσμου. Ταυτόχρονα, κατηγορούνται επτά υπάλληλοι της Δομής για πλημμελήματα στη συμμετοχή τους στις πράξεις αυτές. Η έρευνα έχει ήδη ολοκληρωθεί και η δικογραφία έχει παραδοθεί στον Ανακριτή, ο οποίος θα καλέσει τον κατηγορούμενο να απολογηθεί για τις πράξεις του.
Η διαδικασία έρευνας για τα γεγονότα που συνέβησαν στην Κιβωτό ξεκίνησε τον περασμένο Νοέμβριο, όταν καταγγελθήκαν περιστατικά κακοποίησης ανηλίκων. Οι Εισαγγελείς Ανηλίκων, Κατερίνα Κοπελάκη και Δάφνη-Κυριακή Τσιχλή, συγκέντρωσαν αποδείξεις από μάρτυρες και μελέτησαν το υλικό.
Μετά την ολοκλήρωση της έρευνας, η δικογραφία παραδόθηκε στον επικεφαλής της ποινικής δίωξης, ώστε να εξετάσει το υλικό και να ξεκινήσει τη δικαστική διαδικασία. Καθώς οι ενήλικες εμπλεκόμενοι δεν αφορούν ανήλικα άτομα, οι δύο εισαγγελείς Ανηλίκων δεν είχαν την αρμοδιότητα να συνεχίσουν την υπόθεση.
Ο πατέρας Αντώνιος παρέδωσε υπόμνημα στην Εισαγγελία Ανηλίκων, στο οποίο αρνείται πλήρως όσα του καταλογίζουν οι καταγγέλλοντες, κάνοντας λόγο σε “προφανείς σκοπιμότητες”. Ισχυρίζεται δε ότι οι δύο καταγγελίες για σεξουαλικές πράξεις που του αποδίδονται είναι “προκλητικά και αυταπόδεικτα ψευδείς και αυτοαναιρούμενες”.