Το Μετρό Θεσσαλονίκης θα είναι ένα από τα ασφαλέστερα συστήματα μεταφορών στον κόσμο, σύμφωνα με τον υφυπουργό Υποδομών και Μεταφορών, Νίκο Ταχιάο. Οι πιθανότητες θανατηφόρου λάθους στο μετρό της Θεσσαλονίκης είναι εξαιρετικά χαμηλές, κάτι που το καθιστά ασφαλές για τους επιβάτες του.
Το μετρό διαθέτει δύο σήραγγες και προηγμένα συστήματα ασφαλείας, παρόμοια με αυτά του μετρό της Κοπεγχάγης. Η εικόνα που παρουσιάζεται στις σταθμούς του μετρό είναι πολύ διαφορετική από αυτήν που συνηθίζουμε να βλέπουμε, καθώς είναι ένας καθαρός και σύγχρονος χώρος.
Ένα από τα χαρακτηριστικά που κάνει το μετρό της Θεσσαλονίκης τόσο ασφαλές είναι η απουσία κάδων στους σταθμούς, για λόγους ασφαλείας. Επιπλέον, οι ευάλωτοι χώροι έχουν μειωθεί στο ελάχιστο, προκειμένου να διασφαλιστεί η ασφάλεια των επιβατών.
Με την έναρξη του μετρό στη Θεσσαλονίκη, αναμένεται να μειωθεί σημαντικά ο αριθμός των αυτοκινήτων που κυκλοφορούν στην πόλη, με εκτίμηση να φύγουν περίπου 70.000 οχήματα από τον δρόμο.