Το Μετρό Θεσσαλονίκης αντιμετωπίζει προβλήματα και σήμερα, με τη λειτουργία του να είναι υποβαθμισμένη. Συγκεκριμένα, η κυκλοφορία πραγματοποιείται μόνο από μία τροχιά σε μερικά τμήματα της γραμμής, ενώ ο Σταθμός 25ης Μαρτίου λειτουργεί ως σταθμός μετεπιβίβασης. Αυτό προκαλεί αναστάτωση στην κυκλοφορία και δυσκολίες στους επιβάτες.
Η επίσημη σελίδα του μετρό ενημερώνει για τα προβλήματα στη λειτουργία, με το μήνυμα να αναφέρει την ανάγκη μετεπιβίβασης στον Σταθμό 25ης Μαρτίου για να συνεχιστεί η διαδρομή.
Παρόμοιο πρόβλημα στη λειτουργία του μετρό είχε εμφανιστεί και την προηγούμενη ημέρα, με την κυκλοφορία να αποκαθίσταται προσωρινά αλλά να επανεμφανίζεται σύντομα. Αυτή η διακύμανση στη λειτουργία δημιουργεί ανησυχία στο κοινό και θέτει υπό αμφισβήτηση την αξιοπιστία του μετρό ως μέσου μαζικής μεταφοράς στη Θεσσαλονίκη.